Le fermate di S.Benigno e S.Quirico si inquadrano in un ampio disegno di riorganizzazione che tende a recuperare aree urbane relativamente degradate. La  fermata  di  S.Benigno  sorge  di  fronte  all’omonimo  centro direzionale utilizzando due dei quattro binari ivi presenti; ha due nuovi  marciapiedi  di  125  m  in  parte  coperti  da  pensiline,  un sottopasso pedonale, due piccoli fabbricati di servizio e un’ampia piazza di interscambio con altri mezzi pubblici. Dal  punto  di  vista  strutturale  il  progetto  è  stato  segnato  dalle limitazioni  geometriche  della  sezione  trasversale  che  hanno richiesto  uno  studio  particolarmente  accurato  di  ogni  fase  della cantierizzazione (con linea in esercizio). Il  progetto  comporta  anche  il  rifacimento  di  un  ponte  con impalcato a travi incorporate.